예비레포트 SDS-PAGE, Coomassie blue staining
| Purpose | Coomassie brilliant blue의 protein staining 원리 |
| Introduction | Coomassie brilliant blue는 SDS-PAGE를 한 뒤, gel에 부착된 단백질을 푸른색으로 염색하는 시약으로 단백질의 Arg, Lys이나 aromatic ring이 있는 아미노산 잔기들(Tyr, Trp, Phe, His)등과 결합하여 염색된다. 단백질과 결합하면 음전하를 띠는 Coomassie brilliant blue 염료분자는 단백질이 전반적으로 음전하를 띠게 하고, 이 특성은 Blue Nativve PAGE라는 기술에서 비 변성 조건 하에서 폴리 아크릴 아미드 겔 전기 영동을 사용하여 단백질이나 단백질 복합체를 분리하는데 사용된다. 폴리 아크릴 아미드 겔에서 복합체의 이동성은 단백질 복합체의 크기(분자량) 및 단백질에 결합된 염료의 양 모두에 의존한다. Coomassie brilliant blue는 선명한 청색을 띠는 트리페닐메탄염료의 일종으로 폴리아크릴아미드 겔 전기영동, 셀룰로오스아세테이트 막전기영동 등으로 분리한 단백질을 검출하거나 정량하기 위한 염색용 색소로서 널리 사용한다. 그 이유로는 검출감도가 높고 단백질-색소복합체의 흡광도와 농도가 비레하는 범위가 비교적 넓은 이점이 있기때문이다. 보통 사용하는 것은 쿠마시브릴리언트블루 R-250(C45H44N3NaO7S2, 분자량 825.98)이고 그 밖에 G-250(C47H48N3NaO7S2, 분자량 854.04)을 사용하는 경우도 있다. Coomassie brilliant blue(CBB)는 4가지 이온형태를 갖고 있는데 가장 음이온성 형태가 단백질과 결합을 한다. CBB가 단백질과 만나 비결합 전자를 주면 단백질은 양전하를 띄고 CBB는 음전하를 띈다. CBB와 단백질의 이온결합으로 파란색의 화합물을 형성한다. CBB의 비극성 영역과 노출된 단백질의 소수성 부위가 반데르발스의 결합을 형성하여 단백질과 CBB의 결합을 더욱 견고하게 해주게된다. 또한 염색을 함으로써 전기영동을 할 때 gel의 어느부분까지 내려왔는지 알려주는 지표의 역할을 하게된다. |
| Reference | Noaman, N., Abbineni, P. S., Withers, M., & Coorssen, J. R. (2017). Coomassie staining provides routine (sub)femtomole in-gel detection of intact proteoforms: Expanding opportunities for genuine Top-down Proteomics. Electrophoresis, 38(24), 3086–3099. 분자생물학, 한국분자생물학회 편, 아카데미 서적, 2006, p.50～55 강영희, 「생명과학대사전」, 아카데미서적, 2008 |
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